QUEL EST DONC CE MUTANT DU COVID-19 ?

QUEL EST DONC CE MUTANT DU COVID-19 ?

  • QUEL EST DONC CE MUTANT DU COVID-19 ?

 

Nom de code VUI-202012/01 donné au mois de décembre 2020, le mutant du SARS-CoV-2, en comparaison avec l’original, a fait l’objet de 17 mutations de son génome.

La protéine de spicule est celle qui subit le plus de variations soit 8 au total. C’est cette protéine qui permet au virus d’infecter les cellules humaines de par sa forme en couronne.

La nouveauté vient du fait que 2 mutations concernent les N501Y et P681H qui, c’est là une première, n’ont jamais été combinées avant la détection de ce mutant.

Il y a en outre 6 variantes qui n’altèrent pas les protéines correspondantes. Au total nous faisons face à 23 mutations. Le SARS-CoV2 est assez stable car en moyenne il subit 2 variations par mois alors qu’en moyenne les virus grippaux mutent 4 fois en moyenne sur 30 jours. 

  • Quelle est la date d’apparition du mutant ?

Le variant du SARS-CoV2 a été identifié vers le 20 septembre dans le sud de l’Angleterre à la suite d’une forte hausse des contaminations et officiellement annoncé le 13 décembre.

  • Le mutant est-il plus contagieux ?

Le coronavirus se partage en deux types, L et S, qui se distinguent par leurs récepteurs de surface, par lesquels les virus s'arriment et pénètrent dans les cellules humaines. Le type S, à l'origine de l'épidémie, aurait peu à peu été supplanté par le type L, qui se serait adapté à l'espèce humaine en devenant plus virulent et plus contagieux.

Les choses sont assez floues pour le moment mais ce qui est certain c’est que le virus mutant est désormais le virus dominant. Les statistiques établies dans la capitale Britannique et sa banlieue montrent que la mutation est à l’origine de 62 % au 9 décembre.

D’après l’institut Pasteur, il faudra environ une semaine pour isoler les nouveaux virus et les mettre en réaction avec un échantillonnage de sérums de patients préalablement infectés afin de tester si les anticorps neutralisent les nouvelles souches.

Le professeur John Edmunds, du London School of Hygiene & Tropical Medicine dit : « Il semble que ce virus est largement (jusqu’à 70%) plus infectieux que la souche précédente ».

L'étude du génome a permis d'identifier les séquences responsables de la production d'un réseau de pointes à la surface du virus, capables de l'aider à s'agripper aux tissus. « Contrairement à son ancien parent, le nouveau coronavirus avait acquis une "pièce supplémentaire" sur ses protéines de surface, que l'on retrouve également dans les pointes de nombreux virus humains dévastateurs, dont le virus Ebola, le VIH et les souches hautement pathogènes de la grippe aviaire, parmi d'autres », commente Olli Vapalahti, lui aussi virologue. Ce coupable derrière ces dangereux crochets est la protéine transmembranaire neuropiline 1.

       

Charge virale en vert

  • Est-il plus létal ?

Aucune donnée n’est disponible sur la létalité du mutant. Il va falloir suivre de près l’évolution de la courbe de mortalité mais cela risque de prendre plusieurs semaines.

Des chercheurs chinois de l'université de Zhejiang en Chine viennent pourtant de découvrir que, non seulement le virus a une propension importante à muter, mais que certaines mutations induisent une dangerosité bien plus élevée. « Le SARS-CoV-2 a acquis des mutations capables de modifier substantiellement sa pathogénicité », résument les chercheurs dans leur article en pré-publication sur le site medRxiv.org. Certaines souches seraient ainsi 270 fois plus virulentes que d'autres.

  • L’efficacité des vaccins est-elle remise en cause ?

Onze souches de virus ont été isolées chez des patients de la province du Zhejiang. Au total, les chercheurs ont identifié 33 mutations dans le génome, dont 19 encore inconnues. Surtout, certaines de ces mutations portent sur la partie codant la structure des protéines de surface du virus, celles qui lui servent à pénétrer dans la cellule. Afin de vérifier l'effet de ces mutations, les chercheurs ont infecté des cellules avec les différentes variantes du virus, et constaté que certaines souches produisent 270 fois plus de charge virale que d'autres, tuant ainsi la cellule beaucoup plus vite.

 C'est par exemple le cas en Iran, où le taux de mortalité semble particulièrement élevé (5,5 % contre 2 à 3 % dans la population générale). Un pneumologue iranien,  se dit  « stupéfait » par le caractère agressif de la maladie car les patients sont touchés par une sorte de myocardite [inflammation du muscle cardiaque] virale qui apparait particulièrement forte et rapide »

 la neuropliline 1, une clef du coronavirus ?

 

 

Impossible à l’instant présent de faire des projections. « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a annoncé lundi Ms Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments.

Il est important, tout de même, de prendre en compte que les vaccins ont été développés à partir de la protéine de spicule en mimant cette dernière pour déclencher la production d’anticorps. Les mutations au sein de la protéine pourraient, en théorie, booster la virulence du virus ou diminuer l’efficacité des vaccins.

     

  • Le mutant circule-t-il déjà en sur le Continent ?

Pour le moment aucune trace du virus n’a été détecté en France même si dans le reste de l’Europe on dénombre au Pays de Galles 20 cas, au Danemark 9 cas, en Hollande 3 cas et en Belgique 4 cas.

Le virus circule donc déjà en Europe continentale et l’importance du nombre de gens détectés au Royaume-Uni est peut-être liée aux importantes ressources locales dédiées au séquençage sur les prélèvements. 

     

  • Les tests peuvent-ils détecter le variant?

Pas sûr ! Certains tests PCR ne peuvent détecter ce variant et donnent un résultat négatif lors du dépistage car ils ne prennent pas en compte la mutation génétique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule.